כמו פירמידה ענקית, מערכת התכנון הישראלית בנויה מארבע דרגות של תוכניות ומארבע דרגות של מוסדות תכנון. כל רמה של תוכניות מהווה פירוט של הרמה הגבוהה יותר שמעליה, וכל רמה של מוסד תכנון היא בכירה מהרמה שמתחתיה, והסמכויות בהתאם. במהלך השנים חלו "שיבושים" בהיררכיה, במטרה לקצר תהליכים ולאשר מלאי של יחידות דיור ותשתיות לאומיות. הסמכויות של מוסדות התכנון והיררכית התוכנית, משפיעות על מורכבות התהליכים ואורכם, ועל הזמן שיעבור עד לאישור.
מוסד התכנון העליון על פי חוק התכנון והבנייה, הוא ממשלת ישראל. מתחת לממשלה ממוקמות - לפי סדר יורד- המועצה הארצית, הוועדות המחוזיות והוועדות המקומיות. המועצה הארצית וועדות המשנה שלה, דנות בתוכניות מתאר ארציות ובתוכניות מתאר מחוזיות, בהקלות מתוכניות מתאר ארציות ומחוזיות ובשינויים להן, וכן בנושאים שנקבעו בחוק או בתקנות. בנוסף, קיימות ועדות שמבחינת סמכויותיהן זהות למועצה הארצית. נזכיר שתיים מהן:
הוות"ל – הוועדה לתשתיות לאומיות, מוגדרת כמוסד תכנון ייחודי וקבוע הפועל ליד המועצה הארצית. מוסד תכנון זה הוא בעל סמכויות דומות למועצה הארצית ובנוסף סמכות להוצאת היתרים והרשאות להקמת תשתיות לאומיות כמו וועדה מקומית.
הוותמ"ל – הוועדה הארצית לתכנון ולבנייה של מתחמים מועדפים לדיור, הוקמה לזמן קצוב, בשנת 2014 כחלק ממאמץ להביא להגדלת היצע יחידות הדיור. לוועדה הוגדר לו"ז קשיח לטיפול בתוכניות וסמכויות מורחבות. חוק הוותמ"ל פקע, ונדרשת חקיקה מתאימה שתאפשר חידוש הפעילות.
שש הוועדות המחוזיות נמצאות באמצע הפירמידה התכנונית, בין הרמה הארצית לרמה המקומית. הן אחראיות על תכנון המחוז במבט כולל, ודואגות לסינכרון תכנוני בין הרשויות המקומיות הכלולות במחוז.
כ 125 הוועדות המקומיות הן בסיס פירמידת מוסדות התכנון. קיימים שני סוגים עיקריים של ועדות מקומיות, וארבע רמות עצמאות של הוועדות. וועדה מקומית יכולה להיות ועדה ברשות מקומית אחת, או וועדה מרחבית הכוללת כמה ישובים. בשנת 2014, נכנס לתוקפו שינוי מס' 101 לחוק התכנון, שבין היתר הגדיר ארבע רמות של עצמאות לוועדות המקומיות, שמכוחן יגזרו סמכויותיהן. למרות מאמצי מינהל התכנון והשלטון המקומי, עד שנת 2020 הוסמכו כעצמאיות רק כ-25 ועדות מקומיות.